Во рамките на севкупните промени во организационата структура на Народна банка на Република Македонија, беа извршени  промени во организационата поставеност на супервизијата, со кои се издвои супервизорската од регулативната функција, преку формирање на две одделни дирекции во рамките на Народна банка на Република Македонија: Дирекцијата за супервизија и Дирекцијата за банкарска регулатива.

Дирекцијата за супервизија е надлежна за директно спроведување на супервизорската функција, односно за спроведување на функцијата на лиценцирање на банките, штедилниците, менувачниците и давателите на услуги брз трансфер на пари, теренски контроли и инспекции, вонтеренско следење на нивното работење и преземање на корективни мерки спрема оние институции кај кои се констатирани одредени проблеми, неуредности и неусогласености со законската регулатива. Оваа Дирекција се состои од 4 отсеци:

• Отсек за теренска супервизија - организирање и спроведување на теренска супервизија на работењето на банките и штедилниците во Република Македонија, односно контрола на работењето на банките и штедилниците со непосреден увид во нивната документација;
• Отсек за вонтеренска супервизија - перманентно вонтеренско следење на работењето на банките и штедилниците со прибирање, анализи и верифицирање на извештаите кои се доставуваат до Народна банка на Република Македонија;
• Отсек за банки под засилен надзор - интензивно и континуирано следење на работењето на банките кои се соочуваат со значителни проблеми во своето работење и спрема кои се презема итна корективна акција со цел враќање на нивното работење во нормален тек;
• Отсек за општи супервизорски работи - спроведување на постапката за лиценцирање на банките и штедилниците, преземање на корективни мерки за надминување на констатираните неусогласености и неправилности во нивното работење, како и учество во постапките за укинување на издадените дозволи и согласности;
• Отсек за контрола на банки и штедилници;
• Отсек за контрола на небанкарски институции;
• Отсек за општи девизни работи.

Дирекцијата за финансиска стабилност, банкарска регулатива и методологии е носител на активностите поврзани со воспоставување и унапредување на регулативната рамка на банкарската супервизија, унапредување на супервизорските практики и следење на меѓународните стандарди од областа на банкарството и супервизијата. Исто така, оваа дирекција е одговорна за анализа на финансиската стабилност што воедно претставува и нова активност на Народна банка на Република Македонија. Диекцијата за банкарска регулатива се состои од два отсеци кои што се одговорни за спроведување на следните основни функции на оваа Дирекција:

• Отсек за методологии - оперативно спроведување на регулативната функција, вклучително и воспоставување и примена на сметководствената рамка за банките и штедилниците;
• Отсек за анализа на финансиската стабилност - анализа на стабилноста на банкарскиот и целокупниот финансиски систем, дефинирање, развој, имплементација и анализа на индикатори за финансиската стабилност и следење на системските ризици во банкарскиот сектор, како и анализа на други сегменти кои што се непосредно поврзани со стабилноста на банкарскиот и целокупниот финансиски систем.