Развојот на платниот систем на земјата од нејзиното осамостојување може да се подели во две фази и еден транзициски период, кои може да се сместат во три периода по следниов редослед:

• Првата фаза е од осамостојувањето на земјата до 29.7.2001 година;
• Транзицискиот период е од 30.7.2001 година до 31.12.2001 година;
• Втората фаза е од 1.1.2002 година до денес.

Во првата фаза, националниот платен систем беше претставен преку функционирање на јавна институција, наследена од поранешниот систем пред осамостојувањето на земјата, позната под името Завод за платен промет (ЗПП). Оваа институција ја извршуваше улогата на интербанкарски и интрабанкарски платен систем за домашни плаќања за потребите на стопанските субјекти и државата. Меѓутоа, за функционирањето на пазарноориентирана економија беше потребно да се спроведе реформа на националниот платен систем и воведување нов платен систем којшто ќе биде во состојба да се развива во согласност со стратегиските определби на земјата за нејзиното интегрирање во Европската Унија. Во таа насока, реформата се одвиваше согласно со Физибилити студијата за реформата на платниот систем во земјата изготвена со поддршка од страна на Европската Унија. Со реформата управуваше Управен комитет предводен од министерот за финансии. Во овој комитет и неговите работни тела активно учество имаа експерти од Народната банка, Министерството за финансии, банките, ЗПП и еминентни универзитетски професори.

При воспоставувањето на новиот платен систем во транзицискиот период од 30.7.2001 година до 31.12.2001 година, покрај воведувањето на новите платни системи (МИПС и КИБС), продолжи функционирањето на ЗПП како специфичен платен систем. Имено, со процесот на миграција на сметките од ЗПП во банките се намалуваше обемот на работа на ЗПП, а се зголемуваше обемот на работа на МИПС, КИБС и на интерните системи на банките. На крај од транзицискиот период со целокупната миграција на сметките, ЗПП престана да работи, со што новите платни системи во земјата започнаа да функционираат со полн капацитет.

Во втората фаза, којашто започна на 1 јануари 2002 година и трае до денес, успешно функционира новиот платен систем на земјата. Во новиот платен систем Народната банка има важни и значајни функции коишто се пропишани со Законот за Народната банка на Република Македонија и Законот за платен промет. Со овие законски овластувања Народната банка, како современа централна банка, започна активно да ги спроведува своите улоги во платниот систем на земјата, истовремено остварувајќи активна соработка со сите чинители во новиот платен систем: Министерството за фианансии, Здружението на банки, клириншките институции и Комисијата за хартии од вредност. Новиот платен систем ја поттикна конкуренцијата на банките и претставуваше предуслов за применување на новите платежни и иновативни производи во делот на плаќањата кои се случија во овој период. Содржината на интернет-страницата на Народната банка во делот за платните системи дава поширока слика за новата платежна инфраструктура на земјата, институционалната инфраструктура за поддршка на нејзиниот развој преку основањето и функционирањето на Националниот совет за платни системи на Република Северна Македонија, различните улоги на Народната банка, како и идните планови за понатамошен развој на националниот платен систем на земјата.